医保药品便民智能云药房管理系统作为国家医保服务平台省级专区电子支付凭证应用平台处方管理、药品服务管理系统。以医保电子支付为核心，连接医院信息系统获取处方信息、患者信息、药品信息，连接医药商业公司CMS系统，建立医保便民智能云药房管理系统。系统具备处方管理、订单管理、患者管理、药品库存、效期管理、处方结算、财务管理等分类功能。

医保“双通路”处方管理系统通过数据加密传输等安全措施保障处方信息的流转、存储、分发等各个环节的数据安全，保障处方从医疗机构外流、处方管理、处方分发、药店结算、药店发药、患者确定全流程信息可追溯，通过标准的接口规范与定点医疗机构信息系统与定点药店信息系统互联互通，即时响应，根据药店药品库存、患者取药位置等信息把电子处方合理分发到满足要求的零售药店，电子处方流转到患者附近定点药店，方便患者购药取药。